Ban Giám hiệu đại học chỉ có Hiệu trưởng Lê Vinh Danh, các hiệu phó đã kết thúc nhiệm kỳ từ cuối tháng 3. Đoàn chủ tịch Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam quyết định giao ông Trần Trọng Đạo, Hiệu phó nhiệm kỳ 2014-2019 quản lý, điều hành các hoạt động của đại học. Trong thời gian này, ông Đạo là đại diện pháp luật và là chủ tài khoản Đại học Tôn Đức Thắng, được thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn của Hiệu trưởng theo quy chế tổ chức hoạt động của trường và pháp luật.
Ông Danh 57 tuổi, quê Quảng Ngãi, học vị tiến sĩ. Từ năm 1991, ông công tác tại Đại học Tổng hợp TP HCM, Đại học Bách khoa TP Hồ Chí Minh rồi Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh trước khi về Đại học Tôn Đức Thắng năm 1999.
Tháng 6/2019, Tổng Liên đoàn Lao động xin ý kiến Bộ Giáo dục và Đào tạo về nhiều vấn đề, trong đó có nội dung liên quan việc triển khai Luật Giáo dục đại học (sửa đổi), có hiệu lực từ ngày 1/7/2019, tại Đại học Tôn Đức Thắng. Lãnh đạo đại học này đã phản đối Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam bởi cho rằng cơ quan này có nhiều chỉ đạo vi phạm quyền tự chủ đại học, xoay quanh các vấn đề: xác định cơ quan quản lý có thẩm quyền với đại học này, quyền bổ nhiệm hiệu trưởng, công tác tổ chức trường, ...
Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam sau đó cho rằng, những phát ngôn của Ban giám hiệu trường Tôn Đức Thắng "không đúng bản chất, sự thật, gây tổn hại đến uy tín của tổ chức Công đoàn Việt Nam". Lãnh đạo Đại học Tôn Đức Thắng, nhất là Hiệu trưởng Lê Vinh Danh, nhiều lần phản ứng, không chấp hành quy định của cấp có thẩm quyền, trong đó có Tổng Liên đoàn.
Ông Danh còn bị cho là có dấu hiệu lạm quyền khi triệu tập và chủ trì họp Hội đồng trường bất thường mà không báo cáo, đề nghị với Chủ tịch Hội đồng trường, khi đó là ông Bùi Văn Cường, Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Trường ĐH Tôn Đức Thắng tiền thân là trường ĐH Công nghệ dân lập Tôn Đức Thắng, thành lập tháng 9/1997. Trường ban đầu do Liên đoàn Lao động TP Hồ Chí Minh sáng lập và quản lý, sau đó chuyển sang mô hình bán công, rồi công lập và chuyển về Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Trường ĐH Tôn Đức Thắng được xem là đại học đi đầu về tự chủ đại học tại Việt Nam. Trường từng lọt Top 400 Đại học của thế giới theo nhóm ngành học thuật năm 2020 của ARWU. Với đường phát triển khuynh hướng như 10 năm qua, Nhà trường dự báo rằng không quá 3 năm tới, TDTU sẽ vào Top 500 đại học xuất sắc nhất thế giới theo ARWU.
